Tijdens de Tweede Wereldoorlog was de kap van ‘Perron 2’ behoorlijk beschadigd geraakt door kogels en aangezien deze kap ook verplaatst moest worden in verband met de verbreding van Zwolseweg, besloot men in september 1949 deze kap te slopen. Aangezien Urk inmiddels via de weg bereikbaar was geworden, werd in oktober 1950 ook de spoorsteiger afgebroken.
De Mastenbroekerschutsluis werd in 1939 veranderd in een inlaatsluis en in 1949 werd de sluis helemaal afgesloten en werd er een duiker gemaakt. In 1982 bij de reconstructie van het stationsplein verdween het Kikkergat onder het zand en is hier nu het busstation gevestigd.
Loods Sinds de invoering van dieseltreinen na de oorlog, werd het tweede perron alleen nog maar gebruikt voor militair vervoer, waaraan in 1973 ook een eind kwam toen praktisch alle militairen uit Kampen verdwenen. Sinds januari 1983 wordt de goederenloods in het station gebruikt als bewaakte fietsenstalling. In de jaren zestig en tachtig in de vorige eeuw werd het station meerdere malen verbouwd en gemoderniseerd, maar het gebouw zelf heeft uiterlijk nauwelijks wijzigingen ondergaan. De voormalige Van Gend & Loosloods werd in 1990 gesloopt. De stationshal is sinds maart 1999 gesloten en nog steeds wordt naar een passende (horeca?)bestemming gezocht. In de voormalige restauratie is nu een kiosk annex winkel gevestigd.